Az általában március közepén érkező fokozottan védett madarak a Sió csatorna torkolata és a déli országhatár közötti, Gemenci erdő területén fészkelnek kora tavasztól késő őszig.
A fekete gólyák többsége március 15-e után érkezik meg a faj legnagyobb hazai állományának otthont adó Gemenci erdőbe. Tipikus fészkelő helyei a tölgy-kőris-szil ligeterdők idős kocsányos tölgyfái. Az egyes párok területhűsége rendkívül változó. Fő táplálékuk az apró hal, béka, rovar.

Az első fiókák május elején jönnek a világra. A kirepülés akár már július közepén megkezdődhet, de zömmel augusztus 10-e körül zajlik. Ezt követően néhány hetet még a fészkelő hely közelében tartózkodnak, majd útra kelnek.

A fekete gólyák két fő vonulási útvonala közül az egyik a Gibraltári-szoroson, a másik a Boszporuszon vezet át. Magyarországon az 1990-es évek közepe óta 150 párról 300-ra nőtt a fekete gólyák állománya. A faj a legnagyobb létszámban a Baltikumban fészkel, a legsűrűbb hazai állománya - hozzávetőlegesen 45-50 pár - a Duna mentén, a Gemenc Zrt. területein található.

A madarak érkezése visszavonhatatlanul hirdeti a tavasz beköszöntét, s fehér tollú társaik érkezésére sem kell már sokáig várni.